| 会社名 | 発地都道府県 | 発地港 | 着地都道府県 | 着地港 | 利用日 | フェリー区分 | 高速船区分 | 特記事項 |
| 大間運輸 | 北海道 | 函館ＦＴ | 青森 | 大間港 | 1 | R279・R338 | ||
| 新日本海フェリー | 北海道 | 小樽 | 福井 | 敦賀港 | 1 | 敦賀港は旧港 | ||
| 新日本海フェリー | 福井 | 敦賀新港 | 北海道 | 苫小牧東港 | 2007/9/14 | 1 | ||
| 東日本フェリー | 北海道 | 稚内港 | 北海道 | 香深港 | 2005/4/30 | 1 | 往復 | |
| 東日本フェリー | 北海道 | 函館港 | 青森 | 青森港 | 2007/9/21 | 1 | 高速フェリーなっちゃんRELLA | |
| 東京湾フェリー | 神奈川 | 久里浜港 | 千葉 | 金谷港 | 2012/11/22 | 1 | R16 | |
| 富山県 | 富山 | 越の潟港 | 富山 | 堀岡港 | 公営渡船 | |||
| 富岩水上ライン | 富山 | 環水公園 | 富山 | 岩瀬港 | 2013/6/15 | |||
| 伊勢湾フェリー | 愛知 | 伊良湖港 | 三重 | 鳥羽ＦＴ | 1 | R42・R259 | ||
| セラヴィ観光汽船 | 愛知 | セントレア港 | 三重 | 四日市浜園港 | 2007/12/8 | 1 | 2008/4/1からYALに譲渡→廃止 | |
| 名鉄フェリー | 愛知 | 伊良湖港 | 愛知 | 師崎港 | 2013/4/20 | 1 | ||
| 津エアポートライン | 三重 | 松阪港 | 三重 | 津なぎさまち港 | 2011/4/2 | 1 | ||
| 津エアポートライン | 三重 | 津なぎさまち港 | 三重 | セントレア港 | 2011/4/2 | 1 | ||
| 大阪市 | 大阪 | 天保山 | 大阪 | 桜島 | 公営渡船。無料 | |||
| 共同汽船 | 大阪 | 天保山 | 徳島 | 沖洲マリンターミナル | 1 | 廃止 | ||
| 大阪高知特急フェリー | 大阪 | 南港ＦＴ | 高知 | 高知港 | Feb-94 | 1 | ||
| 大阪湾フェリー | 大阪 | 深日港 | 兵庫 | 洲本港 | 1 | 廃止 | ||
| 南海淡路フェリー | 大阪 | 泉佐野港 | 兵庫 | 津名港 | 2006/11/4 | 1 | 大阪湾フェリーの後継。2007年2月休止 | |
| 阪九フェリー | 大阪 | 泉大津港 | 福岡 | 新門司港 | 2008/12/20 | 1 | ||
| さんふらわあ | 大阪 | 南港かもめふ頭 | 鹿児島 | 志布志港 | 2014/9/11 | 1 | ||
| 海上アクセス | 兵庫 | 神戸空港 | 大阪 | 関西空港 | 2009/12/5 | 1 | ||
| 関西汽船 | 兵庫 | 東神戸ＦＴ | 香川 | 内海港（小豆島） | 1 | |||
| ジャンボフェリー | 兵庫 | 神戸港（新港第３突堤） | 香川 | 高松東港 | 2007/2/9 | 1 | ||
| 関西汽船 | 兵庫 | 六甲ＦＴ | 愛媛 | 松山観光港 | 1997/1/12 | 1 | ||
| 播淡聯絡汽船 | 兵庫 | 明石港（客船ふ頭） | 兵庫 | 岩屋港（客船ふ頭） | May-87 | 1 | 往復 | |
| 明岩海峡フェリー | 兵庫 | 明石港（フェリーふ頭） | 兵庫 | 岩屋港（フェリーふ頭） | 1 | 往復。R28 | ||
| 甲子園フェリー | 兵庫 | 鳴尾浜港 | 兵庫 | 津名港 | 1 | 廃止 | ||
| 淡路フェリーボート | 兵庫 | 須磨港 | 兵庫 | 大磯港 | 1 | 往復。廃止 | ||
| 共同汽船 | 兵庫 | 洲本港 | 兵庫 | 神戸港（高浜岸壁） | 1995/6/30 | 1 | 震災で神戸港のふ頭変更 | |
| 高速いえしま | 兵庫 | 姫路港 | 兵庫 | 宮港 | 2010/9/24 | 1 | ||
| 高福ライナー | 兵庫 | 真浦港 | 兵庫 | 姫路港 | 2013/9/21 | 1 | ||
| 坊勢渡船 | 兵庫 | 網手港 | 兵庫 | 坊勢港 | 2010/9/24 | |||
| 坊勢汽船 | 兵庫 | 坊勢港 | 兵庫 | 姫路港 | 2010/9/24 | 1 | ||
| ラピート桂 | 兵庫 | 姫路港 | 兵庫 | 坊勢港 | 2013/9/21 | 1 | 輝観光(ひかりかんこう)に屋号変更 | |
| 小豆島急行フェリー | 兵庫 | 姫路港 | 香川 | 福田港 | 2004/6/13 | 1 | R436 | |
| 南海フェリー | 和歌山 | 和歌山港 | 徳島 | 徳島港ＦＴ | 2000/11/3 | 1 | 1 | |
| 三洋汽船 | 岡山 | 笠岡港 | 岡山 | 真鍋島本浦港 | Jul-94 | 帰りは海上タクシー | ||
| 三洋汽船 | 香川 | 多度津港 | 香川 | 佐柳島本浦港 | 2016/11/5 | |||
| 三洋汽船 | 香川 | 佐柳島本浦港 | 岡山 | 真鍋島岩坪港 | 2016/11/5 | 土曜のみ運航 | ||
| 三洋汽船 | 岡山 | 真鍋島岩坪港 | 岡山 | 笠岡港 | 2016/11/5 | |||
| 国鉄 | 岡山 | 宇野港 | 香川 | 高松港 | 1 | 宇高連絡船：廃止 | ||
| むくじ丸海運 | 岡山 | 児島観光港 | 香川 | 本島港 | 2016/11/5 | 定期航路の臨時増発便 | ||
| 瀬戸内海汽船 | 広島 | 瀬戸田港 | 愛媛 | 井口港 | 93/ | 1 | しまなみ海道開通により廃止 | |
| 石崎汽船 | 広島 | 広島港（宇品） | 愛媛 | 松山観光港 | 2001/7/21 | 1 | ||
| 瀬戸内海汽船 | 広島 | 呉港（中央港） | 愛媛 | 松山観光港 | 1 | 逆も2007/8/12に利用 | ||
| 能美町 | 広島 | 広島港（宇品） | 広島 | 中町港（能美島） | 1 | 公営フェリー | ||
| 広別汽船 | 広島 | 広島港（宇品） | 大分 | 別府観光港 | 1998/8/5 | 1 | ||
| 江田島市 | 広島 | 広島港（宇品） | 広島 | 小用港 | 2012/5/4 | 1 | ||
| 瀬戸内シーライン | 広島 | 小用港 | 広島 | 呉港 | 2012/5/4 | 1 | ||
| 宮島松大観光 | 広島 | 宮島口港 | 広島 | 宮島港 | 83/ | 1 | ||
| 国鉄 | 広島 | 宮島口港 | 広島 | 宮島港 | Aug-81 | JR西日本に引き継がれている | ||
| スオーナダフェリー | 山口 | 徳山港 | 大分 | 竹田津港 | 2011/2/10 | 1 | ||
| 両備 | 香川 | 土庄港 | 岡山 | 新岡山港 | 2004/6/13 | 1 | ||
| 加藤汽船 | 香川 | 高松港 | 兵庫 | 東神戸ＦＴ | 1997/1/13 | 1 | 未明便 | |
| 四国フェリー | 香川 | 高松港 | 岡山 | 宇野港 | 2003/7/27 | 1 | R30 | |
| 瀬戸内観光汽船 | 香川 | 大部港 | 岡山 | 日生港 | 2010/10/9 | 1 | ||
| 本島汽船 | 香川 | 本島港 | 香川 | 丸亀港 | 2016/11/5 | 1 | ||
| 内海フェリー | 香川 | 高松港 | 香川 | 草壁港 | 2010/10/9 | 1 | ||
| 福山多度津フェリー | 香川 | 多度津港 | 広島 | 福山港 | 2008/7/26 | 2008/8/31をもって廃止 | ||
| 四国中央汽船？ | 愛媛 | 川之江港 | 兵庫 | 東神戸ＦＴ | 1 | 乗船当時の会社は違ったかもしれない | ||
| 芸予観光フェリー | 愛媛 | 木浦港 | 愛媛 | 今治港 | 93/ | 1 | ||
| 宇和島運輸 | 愛媛 | 八幡浜港 | 大分 | 別府観光港 | 1 | 往復 | ||
| 宇和島運輸 | 愛媛 | 八幡浜港 | 大分 | 臼杵港 | 2007/2/11 | 1 | ||
| 防予汽船 | 愛媛 | 三津浜港 | 山口 | 柳井港 | 2001/11/4 | 1 | R437。ただし乗船時は伊保田を経由せず | |
| 石崎汽船 | 愛媛 | 松山観光港 | 広島 | 呉港 | 2005/2/12 | 1 | ||
| 阪九フェリー | 福岡 | 新門司ＦＴ | 兵庫 | 六甲ＦＴ | 1 | |||
| 関門汽船 | 福岡 | 門司港 | 山口 | 下関港（唐戸） | 1 | |||
| 北九州市 | 福岡 | 戸畑港 | 福岡 | 若松港 | 1997/8/30 | 公営渡船 | ||
| 福岡市 | 福岡 | 志賀島港 | 福岡 | 博多港 | Sep-99 | 公営渡船 | ||
| 島原鉄道 | 長崎 | 島原港 | 熊本 | 大牟田（三池・西港） | 2001/11/25 | 1 | ||
| 瀬川商運 | 長崎 | 横瀬西港（西彼杵半島） | 長崎 | 佐世保港（鯨瀬ターミナル） | 2006/7/17 | 1 | ||
| 島原鉄道 | 熊本 | 鬼池港 | 長崎 | 口之津港 | 93/ | 1 | R389 | |
| 三角島原フェリー | 熊本 | 三角港 | 長崎 | 島原港 | 1 | 往復。R57 | ||
| 安田産業汽船 | 熊本 | 富岡港 | 長崎 | 茂木港 | 2006/7/16 | 1 | R324。2006/4/1車両航送復活 | |
| 国道九四フェリー | 大分 | 佐賀関港 | 愛媛 | 三崎港 | 2005/2/12 | 1 | R197 | |
| 宿毛フェリー | 大分 | 佐伯港 | 高知 | 宿毛港 | 2011/2/11 | 1 | ||
| 鹿児島商船 | 鹿児島 | 根占港 | 鹿児島 | 山川港 | 2006/7/15 | 1 | 旧南海郵船航路で2005/12復活。R269・R448代替コース | |
| 三和商船 | 鹿児島県 | 蔵之元港 | 熊本県 | 牛深港 | 2006/7/16 | 1 | R389 | |
| 桜島町→鹿児島市 | 鹿児島 | 鹿児島港（桜島棧橋） | 鹿児島 | 桜島港 | 1999/9/9 | 1 | 公営フェリー。合併により鹿児島市が引継 |